La Directiva Hábitats define los hábitats naturales como zonas terrestres o acuáticas diferenciadas por sus características geográficas, abióticas y bióticas, tanto si son enteramente naturales o seminaturales. En su Anexo I lista aquéllos de interés comunitario (porque están amenazados o por su representatividad), cuya conservación requiere la desginación de zonas de especial conservación (zec), compromiso que recae sobre los Estados miembros. Al igual que hace con las especies, también distingue los que se consideran de interés prioritario (marcados con un asterisco).

De los 231 tipos de hábitats naturales de interés comunitario reconocidos, 39 están presentes en la región macaronésica y de ellos cuatro se pueden considerar estrictamente marinos (se excluyen las lagunas costeras). El Hábitat 1160 - Grandes calas y bahías poco profundas, se considera que no está presente en Canarias, según se desprende del Manual de interpretación de los hábitats de la Unión Europea.

 Hábitat 1110. Bancos de arena cubierta permanentemente por agua marina poco profunda.

Son los arenales que se extienden hasta profundidades de unos 20 m, aunque en Canarias alcanzan en algunos lugares los 40-50 m. Están presentes sobre todo en las costas septentrionales de las islas, excepto en La Palma, y escasamente en El Hierro y La Gomera. Los sebadales se desarrollan sobre este tipo de hábitat, aunque no en todo él.

Presencia en Natura 2000: Playa Sotavento de Jandía (Fuerteventura), Playa del Inglés (Gran Canaria), Güigüí (Gran Canaria), Sebadales del Sur de Tenerife (Tenerife) y Sebadales de San Andrés (Tenerife).

Hábitat 1170. Arrecifes.

Formaciones que emergen diferenciadas del resto del fondo marino, generadas por la acciones de los organismos o por fenómenos geológicos singulares, en el ámbito litoral o sublitoral, y que quedan sumergidos al menos durante la marea alta. Está pendiente de concretar lo que la definición de este hábitat abarca en Canarias. Ejemplo: Arrecife de Las Canteras (esquema extraído de Oceanographica, 2007).

Hábitat 8830. Cuevas marinas sumergidas o semisumergidas.

Son las cuervas sumergidas, o las abiertas al mar que quedan cubiertas por agua con la marea alta, en cuyo interior se desarrollan comunidades de invertrebrados marinos y algas. Las hay en todas las islas.

 Presencia en Natura 2000: Cueva del Fraile (El Hierrro), Cueva del Obispo (La Gomera), Cueva del Infierno (La Palma), Cueva de los Cerebros (Tenerife), Cueva de Ajuy (Fuerteventura), Túnel del Roque del Este (Lanzarote).