Además de la vigilancia ambiental del puerto de Granadilla, el OAG lleva incorporado en sus fines constitucionales una serie de objetivos relacionados con la biodiversidad marina, y en particular, con la Directiva 92/43/CEE relativa a la conservación de los hábitat naturales y de la fauna y la flora silvestres (alias "Directiva Hábitat"). Estos son:

Banco de datos de biodiversidad marina

Colaborar en el establecimiento de un banco de datos de todas las especies y hábitats marinos de la Región Macaronésica, con especial atención a la especies de los Anexos II, IV y V de la Directiva Hábitat europea y de las especies que definen los hábitats naturales del Anexo I de la misma Directiva. Una parte fundamental de dicho Banco de datos será la plasmación geográfica de la distribución de las especies y los hábitats, de forma que pueda constituirse, además, en un Sistema de Información Geográfica que aglutine el estado del conocimiento más actual y permita un registro temporal de la dinámica de estos hábitats y especies. (Art. 2c)

Este fin es concurrente con los objetivos del proyecto Biota iniciado por el Gobierno de Canarias en 1997 de cara a nutrir el Banco de Datos de Biodiversidad de Canarias (ver artículo 1 de la Ley 4/2010) por lo que se en 2009 se inició una colaboración entre ambas instituciones (pendiente de formalizar) orientada a que el OAG se ocupe del desarrollo de la componente marina. Los Presupuestos Generales de la Comunidad Autónoma de 2009 y 2010 contemplaron una subvención nominada para el OAG destinada a desarrollar Biota Mar, y que ha servido para sentar las infraestructuras informáticas necesarias, recopilar la bibliografía sobre fauna y flora marina de Canarias, y elaborar el primer elenco de las especies citadas en esta región. Esta subvención quedó interrumpida por la crisis económica, pero el OAG ha continuado trabajando en dicho fin bajo la denominación DIADEMA (Banco de datos de especies marinas de la Macaronesia).

Para gestionar Biota, el Gobierno de Canarias ha desarrollado el programa Atlantis, que se ha venido usando con éxito en el ambiente terrestre. Los ciudadanos pueden acceder a su portal (enlace).

El OAG ha incorporado un módulo de gestión de datos sobre especies en el Repositorio de Datos Marinos Integrados de Canarias (REDMIC), especialmente adaptado para manejar la información requerida en el Banco de Datos de Biodiversidad de Canarias, pero sin perder el uso potencial del dato para otros fines científicos o de gestión. En Redmic el dato taxonómico se ajusta a WORMS (World Register of Marine Species) y queda integrado con la demás información marina (parámetros oceanográficos, administrativos, etc.), además de que permite su incorporación con mayor mayor precisión geográfica (radiopunto y profundidad).

Apoyo a la Directiva Hábitat europea

Varios objetivos están encaminiados a apoyar el desarrollo de la Directiva Hábitat en el ámbito marino de Canarias. Unos son de caracter técnico, otros de control y transparencia, y también los hay de evaluación, incluida la emisión de alarmas y generación de propuestas de acción. 

1. 1. Elaborar informes periódicos sobre el estado de la biodiversidad, que deberían ser comunicados a las autoridades ambientales, y sobre situaciones de alarma que requieran decisiones de gestión relacionadas con la conservación de los recursos naturales marinos (art. 2b).
   2. Determinar los criterios adecuados sobre la consideración de "estado de conservación favorable" para cada especie o hábitat de la Directiva Hábitat europea (art. 2e).
   3. Diseñar los indicadores de seguimiento del estado de conservación de las especies y hábitats (tamaño poblacional, área de distribución, distribución de tallas, tasa de natalidad /reclutamiento, superficie de ocupación, densidad, cobertura, etc.). (art. 2f)
   4. Establecer una red de criterios para proteger los lugares de importancia comunitarios de impactos perjudiciales y proponer la monitorización adecuada (art. 2g).
   5. Monitorizar los indicadores (seguimiento) y las medidas de gestión tomadas en los Lugares de Interés Comunitario o Zonas de Especial Conservación de la Red Natura 2000 o sobre una especie o hábitat. En particular evaluar si las medidas de gestión adoptadas están funcionando oportunamente, si los objetivos de conservación están siendo alcanzados y, el estado general de conservación de especies y hábitat (art. 2h).
   6. Detectar amenazas para la conservación (art. 2i).
   7. Analizar las tendencias en el estado de conservación de las especies y hábitats de la Directiva de Hábitats (art. 2j).
   8. Proponer medidas de gestión (art. 2k).

En buena lógica y dada la naturaleza esencialmente colaboradora de esta Fundación (ver el artículo 2 de los Estatutos),  el desarrollo de los fines arriba listados debería abordarse en colaboración con las entidades titulares de las competencias en el medio marino: la Administración Central y el Gobierno Autónomo de Canarias, que además son los fundadores materiales del OAG.